株式取引をするためには証券会社の口座を開設しなければいけません。口座の種類は一般口座、特定口座（源泉徴収なし）、特定口座（源泉徴収あり）の3種類です。
・一般口座
一般口座は確定申告のほかに株式の取引内容の履歴である年間取引書を作成しなければいけないため、会社員というよりは投資法人向けといえます。
・特定口座
特定口座は年間取引書を証券会社が作成してくれます。
源泉徴収なしであれば、確定申告する必要があり、源泉徴収ありであれば証券会社が代わりに確定申告を行ってくれるので、確定申告する必要がありません。株式の税金は一般の会社員であれば、年間売却益が220万円以上になると売却益の20．315％（所得税、復興特別所得税、住民税を合わせた額）の税金がかかります。
源泉徴収ありは確定申告が必要ないので、手間がかかりませんが、売却益を得る度に税金分が引かれるのに対して、源泉徴収なしは納税期間に一括で支払えば良いので、投資資金を効率よく利用できるメリットがあります。年間の売却益が損失になった時には、翌年以降3年間の売却益で相殺することができる3年間の繰り越し控除があります。
例えば、年間で30万円の損失になったときに
1年後に売却益が10万円、2年後に売却益が10万円、3年後に売却益が15万円であれば、3年間の売却益の合計は35万円となりますが、30万円の損失が相殺できるので、5万円の利益として確定申告することができます。ただし、一般口座、特定口座（源泉徴収なし）、特定口座（源泉徴収あり）のどの口座でも損失時に確定申告をしなければ、
3年間の繰り越し控除を受けることができないので注意しなければいけません。
一般の会社員であれば、年間売却益が20万円未満であれば、税金がかかりません。20万円以上の売却益になっていても、含み損がある保有株を一旦、売却して清算することで、年間の売却益が20万円以下になれば、税金がかからず、節税対策になります。